超级计算机Beagle可以在两天内分析240个全基因组
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发布于 2019-07-24 06:11:30
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棋牌官方下载在21世纪,整个人类基因组测序的时间和成本急剧下降。不幸的是,鉴于有32亿个碱基对需要解码,分析结果可能需要几个月的时间。 (因此,在一个称为外显子组测序的过程中,专注于编码蛋白质的基因组不到2%变得流行。)现在芝加哥大学的研究人员正在生物信息学杂志上报告其中一个世界上最快的超级计算机致力于生命科学,可以在50小时内分析240个全基因组。他们估计同样的任务将花费超过47年的单个2.1 GHz CPU。要明确的是,挖掘Beagle的非凡能力(以当时22岁的查尔斯达尔文带来的科学航行的船命名。 1831年的世界)不会将全基因组分析的成本降低,如果技术要在临床上有用,这当然是必要的。然而,它确实表明基因组分析有可能远远超过现在。“超级计算机可以同时处理多个基因组,而不是一次处理一个基因组,”第一作者,大学博士后研究员Megan Puckelwartz芝加哥学校新闻发布会上说。 “它将全基因组测序(主要用作研究工具)转化为对患者护理立即有价值的东西。”研究人员报告说,他们使用Beagle的四分之一的操作能力与商业软件包一起分析来自61个人类基因组的原始测序数据,使用这种方法不仅显着提高了速度,而棋牌手游且提高了准确性。这可能有助于降低测序和分析全基因组的成本。事实上,研究作者,芝加哥大学医学院心血管遗传学诊所主任Elizabeth McNally在新闻发布会上表示,如果分析成本可以进入1000美元范围,这是测序方面的当前目标,分析整个基因组而不是其中的一小部分是有意义的。因为外显子组测序可以帮助发现估计有85%的突变有助于疾病,这意味着其他15%不会被忽视,以保持时间和成本的可控性.McNally说,在她自己的诊所,例如,分析整个基因组将立即产生影响:“在早期我们会测试一到三个基因。2007年,我们做了我们的第一个五基因小组。现在我们一次订购50到70个基因,这通常会得到答案。在这一点上,序列可能更有用,更便宜该全基因组。“此外,她补充说,为某些家庭做几个序列通常是有意义的:“我们开始与患者进行基因检测,但是当我们发现一个重大突变时,我们必须考虑测试整个家庭以识别处于危险中的个体。”影响超出诊断范围。在一个人出现症状之前,早期发现基因突变可以帮助科学家不仅诊断疾病,还可以了解更多关于他们早期阶段和治疗方案的信息。 “在这种情况下,”McNally补充道,“每位患者都是一个大数据问题。”热门棋牌

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